在安宁堡仁寿山祖师殿山门外，竖有一块明朝嘉靖改元春三月九日重建时的《大明安宁堡神庙记》石碑，碑文载：“弘治乙丑，石淙杨公总制军务，以兰为西北要冲，张掖□□□诸镇，赖此地为吭。去郡逾河三十里置安宁堡。城高二丈，池深一丈二尺，周围六百四十步，东南有门，……遏虏，不使为居人行旅之害。至是始，遂播获往来。”另一史书载：“先是河北农家，常被虏患，杨公为总制时，建议于朝，以河北为临河要害，建置二堡，东为盐场，西即安宁，戍以重兵，严以烽燧，由是虏患稍息，人得耕牧。”

    原来，明灭元以后，退居蒙古的蒙古贵族不甘心失败，继续与明对抗。15世纪40年代，西蒙古瓦剌部首领也先一度统一了蒙古诸部，势力日益强大，并不断出兵侵略明朝北部边境，掳掠人口财物，成为明朝北部的劲敌。至正统十四年（1449年）春，也先纠集蒙古各部，分四路向南进犯，于河北怀来土木堡大败明军，将英宗朱祁镇俘去，史称“土木之变”。

    此后，明朝北部的战略形势发生了很大变化，明军已经无法有效地防御残元势力的侵扰。及至16世纪初叶，东蒙古的鞑靼俺答部又相继占据河套、松山一带，并经常派骑兵进犯兰州，“立黄河饮马，甚谓闯夺河桥（即镇远浮桥），大肆恐喝”，闹得黄河北岸人民不得安稳，大片沃土不得耕牧，为此，从明正统到弘治的50多年间，驻兰明军在不断加固兰州城垣的同时，又先后修筑了兰州黄河北大岔口哨马堡（今十里店、费家营附近）、新城堡、西古（固）城、什川堡、盐场堡、安宁堡等军事城堡，并在外围修筑边墙、墩台，派重兵戍守，对阻止鞑靼骑兵的侵扰，保护河北大片农田果园，起到了重要作用，安宁堡正是在此背景下筑堡屯军的。